黄腰柳莺的繁殖期5-7月。巢址海拔2700-2900米。5月下旬、6月初开始配对,配对时互相追逐,有时站在枝头,发出响亮的"ga-zhi,ga-zhi,ga-zhi” 或"jiniu,jiniu,jiniu”叫声。
配对后,雌雄共同选择营巢地点。营巢于云杉林内的甘青锦鸡儿、箭叶锦鸡儿、白理香杜鹃、黄花棘豆和金露梅小植物丛基部的苔藓下。巢营造于由草或苔藓编织而成的“曲颈甑”状的洞内,位于“甑”的腹部。
营巢于距地面6米高的云杉侧枝上,或筑在松树干上的缝隙中,离地面约2米,球形巢,由糙喙苔草、针茅、马先蒿等植物的叶和细茎、草根、苔藓、细树枝、树皮韧皮部编织而成;内垫比较细致,以马麝毛、高原兔毛、旱獭毛、鸟羽、羊毛和牛毛,巢口在侧壁。
营一巢需4天。巢外径4.4±0.32厘米、内径3.6±0.27厘米、高5.3±0.41厘米、深4.1±0.21厘米;巢很隐蔽,与绿色植被混为一体,不见柳莺从中飞出则很难发现,洞口直径3-3.5c厘米,仅可供鸟进出,且洞口处有植物遮挡。
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